Храм заложили в 1627 году. В начале XVII века он считался одним из самых красивых в Москве и имел особый статус — Государевый.

Его построили в родовой вотчине династии Романовых — в селе Покровском, и назвали в честь небесной покровительницы первой дочери царя Михаила Романова.

В 1812 году французы использовали храм как казарму. Солдаты пытались разграбить церковь, но дьякон с Божьей помощью спрятал все ценности в тайнике.

В наказание Василия Тимофеева превратили в прислугу, заставив выполнять тяжелую работу, невзирая на его старость и немощь.

Пожар, охвативший Москву в тот год, едва не сжег храм дотла. К счастью, его восстановили, а древние иконы и церковную утварь вернули обратно.

Но худшее случилось после революции в годы советской власти.

В 1927 году храм закрыли. Священника, Михаила Серединского, репрессировали, а спустя 10 лет расстреляли. Церковь переходила из рук в руки.

В разное время здесь размещали тир «Ворошиловских стрелков», завод по производству электротоваров, продуктовый склад.

Атеисты разрушили все убранство храма: замазали уникальные фрески начала XIX века, лишили храм купола, а колокола переплавили в статуи, которые потом разместили на фасаде библиотеки им. Ленина.